南川区档案局成立于1980年3月，南川县档案馆始建于1959年3月，局（馆）实行“两块牌子，一套机构，合署办公”的体制。1989年1月，县档案局隶属县政府直属事业编制单位，档案馆归口县档案局管理。1994年8月18日撤县设区，更名为南川区档案局（馆）。区档案局于2004年10月经重庆市人事局批准列入依照国家公务员制度管理范围的事业编制。区档案馆于1998年达到重庆市二级综合档案馆标准。
局（馆）成立以来，经历了从无到有，从小到大的艰苦发展，历经了几代档案工作者的默默无闻、辛勤劳动，目前局（馆）已成为集中保管全区档案和爱国主义教育基地及提供档案信息资源利用中心。